赛音吉雅出生于美丽的科尔沁草原，当教师的父亲很喜欢唱歌，受父亲的影响，赛音吉雅从小就很喜欢音乐。他想系统地学习音乐，却遭到了父亲的反对。14岁那年，还在扎鲁特旗蒙古族中学上  初中的赛音吉雅，悄悄用攒了2年的零用钱买了一把马头琴。看见儿子的决心如此坚决，父亲也不再反对了。
1995年9月，赛音吉雅考入内蒙古大学艺术学院马头琴专业学习，和所有热爱音乐的人一样，赛音吉雅格外珍惜这样的学习机会，在上学期间，他参加过全国大学生汇演、中国第三届曲艺节以及内蒙古自治区成立50周年和共和国成立50周年纪念文艺演出。
2000年，赛音吉雅赴日本留学。“我认为，日本的民乐和马头琴有很多相通的地方，所以想从中借鉴。”一次偶然的机会，让赛音吉雅和他的马头琴出现在日本观众的视野里。2000年6月11日，也应是赛音吉雅到日本的两个月后。日本千叶县举办了一年一度的国际文化艺术节，赛音吉雅代表石川市交流协会表演马头琴独奏。他一上台，观众们便围到台前。直到他拉完四首乐曲，人群还是没有散去。从此，赛音吉雅开始频繁地登上日本舞台，至今已经演出500多场。
2003年6月赛音吉雅在日本制作了名为《我的梦》的首张个人CD，2005年他又推出自己主演的DVD专辑《苏和的小白马》，这张专辑被认定为日本国文部科学省选定作品。2006年，他再次出版了个人CD《蒙古的苍风》。
2007年，赛音吉雅回到内蒙古，准备发行自己的首张中文DVD。这张全长60分钟的DVD收录了马头琴传说《苏和的小白马》和赛音吉雅演唱的《马头琴传说》、《家路》等MTV作品。赛音吉雅身在异国，心系家乡，他连续3年，每年给呼和马头琴学校捐资1万元，用于奖励品学兼优的学生。回到故乡，赛音吉雅感慨地说：“马头琴是蒙古族的乐器，记载了蒙古族的历史。今年是自治区成立60周年，这张DVD应是我送给故乡母亲的生日礼物。